Sconfiggere il cancro con Monovar.py

In questi anni l’unico modo più efficace per cercare di contrastare il cancro è stato reso possibile soltanto attraverso l’analisi di milioni e milioni di cellule che portano a conclusioni definitive per quanto riguarda le mutazioni del DNA nelle cellule tumorali.
Ma perché non provare ad ottimizzare il procedimento? Difatti, grazie a questo pensiero e dopo tantissime ricerche, i ricercatori dell’Università di Texas MD Anderson Cancer Center, hanno scoperto un nuovo metodo molto più efficiente.

Questo metodo si chiama Monovar, un software open source scritto interamente in linguaggio Python che è in grado di riconoscere le mutazioni del DNA che avvengono in una sola cellula tumorale e individua le variazioni più importanti.
Questo nuovo e sofisticato software può aiutare tutti i medici a trovare e adottare un approccio molto più personalizzato per il trattamento del cancro prima di procedere ad altri metodi come la chemioterapia.

A differenza delle attuali tecniche di ultima generazione che si occupano di sequenziare misurando il genoma da milioni di cellule, il metodo Monovar si concentra sull’analisi dei dati che provengono da più singole cellule. Questo permette ai medici di individuare le questioni più importanti che normalmente non vengono individuati a causa del disturbo.
Inoltre, questo metodo sfrutta una tecnologia chiamata SCS che sta per Single Cell Sequencing ossia Sequenziamento per Singola Cellula.
L’uso del SCS si ha anche in altri campi della medicina come microbiologia, neurobiologia e immunologia.

Monovar è in grado di rilevare le varianti del singolo nucleotide (SNVs) che è un genere particolare della variazione del DNA.
Particolare perché le SNVs svolgono un ruolo molto importante nel trattamento del cancro in quanto influenzano nel paziente le modalità di sviluppo della malattia e la risposta al farmaco utilizzato.
In questo modo, aiutando a rilevare le variazioni del singolo nucleotide nel modo più accurato possibile, i trattamenti personalizzati per ogni paziente potrebbero risultare come una scelta migliore rispetto ad altre soluzioni disponibili.

Comunque sia, essendo un programma open source potete osservare il funzionamento e contribuire allo sviluppo seguendo questa pagina: https://bitbucket.org/hamimzafar/monovar dove si descrive il progetto così:
Monovar è un algoritmo di rilevamento e di genotipizzazione delle variazioni del singolo nucleotide (SNV) per dati di sequenziamento monocellulari del DNA. Il software prende in input una lista di file BAM e produce in ouput un file VCF contenente le SNV rilevate.

Algoritmi intelligenti e grandi applicazioni di analisi dati, vengono già utilizzati per l’analisi statistica delle cellule tumorali. Speriamo che l’algoritmo Monovar renda il rilevamento del cancro e il relativo processo di trattamento molto più facile.

E voi, cosa ne pensate di questi progressi grazie anche all’uso di intelligenza artificiale?
Magari arriveremo in una situazione dove ogni malattia verrà analizzata a tempi record permettendo di generare una cura meno invasiva possibile e altamente efficace?
O perché no, magari diventeremo tutti robot 🙂